Miljøsektionen ved Forsvarets Bygnings- og Etablissementstjeneste (FBE) er af Forsvarsministeriet udpeget som Forsvarets koncernfælles miljøfaglige myndighed, der har det overordnede ansvar inden for miljø. Miljøsektionen er således det miljøfaglige knudepunkt med hensyn til koordinering af miljørigtige tiltag i Forsvaret, og er Forsvarets miljøfaglige kompetencecenter, hvor specialister varetager diverse miljøopgaver.

Miljøsektionen er fysisk placeret i FBE Stab på Hjørring Kaserne med pt. 19 medarbejdere samt 7 miljøledere, der er decentralt placeret over hele landet.

 
Miljøafdelingen er opdelt i tre teams:

- Team Miljøledelse: primære opgave er at indføre miljøledelse efter kravsbeskrivelsen af den internationale standard DS/EN ISO 14001:2004.

- Team Jord og Grundvand: primære opgaver omhandler jordforureningsundersøgelser, herunder moniteringer af grundvandsforureninger, håndtering af forurenet jord og kortlægning af potentielle forureningskilder.

- Team Virksomhed: primære opgaver omhandler ansøgninger og opretholdelse af miljøgodkendelse med vilkår indenfor håndtering af affald, spildevand, støj samt luftemissioner m.m.

Dertil kommer udarbejdelse og revidering af Forsvarsministeriets Miljøstrategi, en årlig miljøredegørelse samt miljøhåndtering i Grønland og på Fæerøerne, internationalt miljøsamarbejde og miljøforhold ved danske lejre ved Internationale Operationer.