Miljøafdelingen (FMI) ved FBE er Forsvarets koncernfælles miljøfaglige myndighed, der har det overordnede ansvar inden for miljø.

Miljøafdelingen er det miljøfaglige knudepunkt med hensyn til koordinering af miljørigtige tiltag i Forsvaret, og er Forsvarets miljøfaglige kompetencecenter, hvor specialister varetager diverse miljøopgaver.