Kompetencecenter navigation er ansvarlig for undervisningen i navigation, skibsteknik, søvejsregler, skibsadministration, ECDIS, shiphandling og Soret. Undervisningen veksler Mellem teori, praksis og projektorienteret undervisning. Ud over den traditionnelle Undervisningsform i klassen udbydes der også lektiecafeer. Dele af undervisningen foregår i skolens navigationssimulator Hvor Bliver teorien omsat til praksis og Eleverne prøver kræfter med Deres viden under meget realistiske forhold.
Centret samarbejder med Søværnets specialskole med bl.a. undervisningen i ARPA.