Søværnets Operative Kommando (SOK), oprettet i 1961, er placeret i Århus. Kommandoen er den danske flådes operative hovedkvarter. Hovedkvarteret har ca. 300 medarbejdere, hvoraf ca. halvdelen er beskæftiget i døgnbemandede vagtfunktioner i operationscentret.

Søværnets Operative Kommandos opgaver er fordelt på to hovedområder. Dels myndighedsopgaver i og omkring de danske farvande og dels deltagelse i internationale operationer.
 
Myndighedsopgaverne omfatter blandt andet farvandsovervågning, suverænitetshævdelse, eftersøgnings- og redningstjeneste, havmiljøovervågning og forureningsbekæmpelse, Vessel Traffic Service, isbrydning samt anden statslig udøvelse af myndighed til søs.

En stor del af disse opgaver gennemføres i nært samarbejde med andre myndigheder i og uden for Forsvaret, herunder Politiet, Søfartsstyrelsen, Farvandsvæsnet, Beredskabsstyrelsen, kommuner, Danmarks Meteorologisk Institut og SKAT mf.

Deltagelse i internationale operationer gennemføres i samarbejde med Danmarks allierede i NATO samt i koalitionssammenhæng og kan omfatte en meget bred vifte af opgaver fra humanitære operationer til egentlige kamphandlinger.

Opgaveløsningen styres døgnet rundt fra Søværnets Operative Kommandos operationscenter, hvor personel fra søværnet og flyvevåbnet koordinerer indsættelsen af skibe og fly.

I forbindelse med løsning af myndighedsopgaverne assisteres operationscentret af to marinedistrikter.

De operative enheder, der er kernen i opgaveløsningen, leveres fleksibelt af de to eskadrer, Søværnets Helikoptertjeneste, Søværnets Frømandskorps samt flyvevåbnet og Marinehjemmeværnet.

Til at understøtte opgaveløsningen har Søværnets Operative Kommando endvidere underlagt en operativ logistisk støttestruktur, der kan indsættes såvel nationalt som internationalt, samt en skole- og uddannelsesstruktur.

I grønlandske og færøske farvande kontrolleres den operative maritime virksomhed af hhv. Grønlands Kommando og Færøernes Kommando.