I august 1995 tog det kroatiske militær kontrollen med Krajina og Vestslavonien, der siden 1991 havde været styret af det serbiske mindretal. Det skete i den militære offensiv kaldet Operation Storm. Bagefter tog FN initiativ til, at overdragelsen af resten af de områder i landet, der ikke var under regeringens kontrol, skulle ske på fredelig vis og under opsyn af internationale observatører. Danske soldater deltog i dette arbejde.

UNTAES

Østslavonien, Baranja og Vest Sirmium var uden for den kroatiske regerings kontrol. 12. november 1995 indgik Kroatiens regering og de lokale serbiske myndigheder, som styrede områderne, en aftale om vilkårene for, at de tre løsrevne regioner kunne komme tilbage som normale dele af Kroatien.

FN stillede med soldater og militære observatører fra en række lande til at sikre og observere, om parterne overholdt aftalen. Forsvaret deltog i missionen med observatører. FN-missionen fik navnet UNTAES - United Nations Transitional Administration in Eastern Slavonia, Baranja and Western Sirmium.

I december 1997 var de væsentligste dele aftalen opfyldt. Der var således oprettet en politistyrke, der var afholdt lokalvalg, og 6000 kroater samt 9000 serbere, som var fordrevne, var vendt tilbage til deres hjem.

Herefter vurderede FN's Sikkerhedsråd, at UNTAES havde opfyldt sit mandat, og missionen blev derfor nedlagt.

UNMOP

United Nations Mission of Observers in Prevlaka (UNMOP) var en observatørmission på ca. 27 personer, der fra 1996 overvågede afmilitariseringen af Prevlaka-halvøen i Kroatien. Prevlaka er en lille halvø, der ligger i den sydøstligste del af Kroatien ved grænsen til Montenegro. Danmark bidrog med én observatør.

Kroatien og Jugoslavien, der på dette tidspunkt bestod af Serbien og Montenegro, fandt en løsning på grænseproblematikken mellem de to lande. Derfor var der ikke længere behov for FN-observatører i Prevlaka, og missionen ophørte den 15. december 2002.

Den 1. april 2009 blev Kroatien medlem af NATO.